Komuna e Çairit është formuar në vitin 1976, me Ligjin për formimin e komunave në kuadër të qytetit të Shkupit. Me ligjin e ri për ndarjen territoriale, kufijtë e Komunës së Çairit u zvogëluan në masë të madhe, gjë që përbën një hendikep serioz për zhvillimin e mëtejshëm të komunës.

Territori i Komunës së Çairit ka qenë i banuar që nga periudha e neolitit, gjë që dëshmohet nga gjetjet arkeologjike të zbuluara në lagjen Dizhon në vitin 1999. Sipas shumë burimeve historike, Skupi është formuar në gjysmën e parë të shekullit IV p.e.s., në anën e majtë të lumit Vardar (i quajtur edhe Lumi i Bardhë), nga fisi ilir i Dardanëve.

Qyteti antik i Skupit kishte një shtrirje të gjerë, duke përfshirë hapësira nga Bardovci, Zllokuqani, deri te Kalaja dhe një pjesë e Çarshisë së Vjetër. Në periudhën mesjetare, burime të ndryshme historike dëshmojnë vazhdimësinë e pranisë së arbërve, pasardhës të Dardanëve. Prania e tyre ishte e theksuar edhe pas pushtimeve bullgare dhe serbe të këtyre trojeve.

Pas ndarjes së kishës së krishterë në vitin 1054, në kishë perëndimore (katolike) dhe lindore (ortodokse), shqiptarët dhe shumica e banorëve të Shkupit bënin pjesë në kishën perëndimore. Si pasojë e përkatësisë së tyre katolike dhe kundërshtimit ndaj ritit ortodoks sllav, Perandori Dushan filloi ndjekjen, persekutimin dhe konvertimin e tyre me forcë në ortodoksi, duke zbatuar ligje të posaçme të njohura si “Kodi i Perandorit Dushan”.

Për shkak të klimës së përshtatshme krahasuar me Edrenen, kronistët osmanë theksojnë se Sulltan Murati II pjesën më të madhe të dimrit e kalonte në Shkup, konkretisht në rajonin e sotëm të Komunës së Çairit. Po ashtu, garnizoni qendror i ushtrisë osmane në Ballkan u vendos në fushën e sotme të Tophanes, ku njëkohësisht u vendos edhe artileria e rëndë dhe u bënë riparime të topave që përdoreshin në ekspedita kundër Shqipërisë. Prej asaj kohe, ky vendbanim u quajt Fusha e Topave (Tophane).

Pikërisht në këtë vend, sipas kronistëve osmanë, u nënshkrua marrëveshja e njohur ndërmjet Sulltan Mehmetit II dhe Skënderbeut, më 27 prill 1463.

Në territorin e sotëm të Çairit, me vendosjen e pushtetit osman, u ndërtuan edhe xhamitë e para, si ajo e Sulltan Muratit, Mustafë Pashës, Allaxhës, si dhe objekte të tjera të tipit oriental. Sipas të dhënave të udhëpërshkruesit Evlija Çelebi, gjatë vizitës së tij në Shkup në vitin 1637, qyteti kishte 70 lagje, ku fliteshin dy gjuhë: shqipja dhe rumishtja (greqishtja). Qyteti ishte i ndarë në dy pjesë: pjesa e majtë ishte e ndërtuar dhe funksionale, ndërsa pjesa e djathtë ishte e paurbanizuar dhe jo funksionale.

Në fillim të shekullit XIX, Hevzi Pasha ndërtoi saraje të bukura në lagjen e Çairit, të cilat shërbyen edhe për administrimin e tërë sanxhakut të Shkupit. Në atë kohë, sanxhaku përfshinte 14 kaza: Shkupin, Kaçanikun, Tetovën, Kërçovën, Dibrën, Qustendilin, Ellnikun, Strumicën, Radovishin, Shtipin, Kratovën, Kumanovën, Kriva Pallankën dhe Koçanin.

Pas ardhjes së osmanëve, Shkupi u shndërrua në një qendër të rëndësishme zejtare dhe tregtare në Ballkan. Territori i Çairit luajti rol kyç në zhvillimin ekonomik dhe kulturor të qytetit, pasi përfshinte Bezistenin, disa hane dhe ndërtesa të tjera që shërbenin për zhvillimin e tregtisë dhe zejtarisë.